a) Lãnh đạo Ban Quản lý, gồm: Giám đốc và không quá 03 (ba) Phó Giám đốc.
Giám đốc Ban Quản lý chịu trách nhiệm trước Ủy ban nhân dân tỉnh và trước pháp luật về mọi hoạt động của đơn vị.
Phó Giám đốc Ban Quản lý là người giúp Giám đốc theo dõi, chỉ đạo một số mặt công tác do Giám đốc phân công; chịu trách nhiệm trước Giám đốc và trước pháp luật về lĩnh vực công tác được phân công. Khi Giám đốc vắng mặt, 01 Phó Giám đốc được ủy quyền điều hành hoạt động của Ban quản lý.
b) Các Phòng chuyên môn, nghiệp vụ:
- Phòng Hành chính - Tổng hợp;
- Phòng Kế hoạch - Tài chính;
- Phòng Kỹ thuật - Thẩm định;
- Phòng Điều hành dự án 1;
- Phòng Điều hành dự án 2.
Cơ cấu của các phòng chuyên môn, nghiệp vụ gồm: Trưởng phòng, 01 Phó Trưởng phòng, viên chức nghiệp vụ.